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　　Jmol 是一款基于HTML5瀏覽器和獨立Java瀏覽器的3D化學結構的開源瀏覽器，主要用于瀏覽和編輯分子模型和二級結構示意圖，可以測量距離、鍵角和扭轉角，支持CML，GAMESS，Ghemical等文件格式，具有開源自由的特點。

【功能特色】

　　1、適用于所有現代瀏覽器的HTML5 / canvas圖形，包括iOS和移動設備

　　2、極低的占地面積選項(50K)，用于簡單的交互式結構顯示

　　3、其他服務器端Java，獨立Java和簽名Java小程序選項

　　4、完整的晶體學對稱能力

　　5、加載許多曲面格式并??動態創建和顯示曲面

　　6、易于定制的基于Web的界面兼容(并且需要)jQuery

　　7、記錄良好的腳本語言，包含1000多個令牌

　　8、讀取超過60種文件格式，包括PyMOL(PSE)會話文件

　　9、從體積(CUBE)數據創建高度壓縮(300：1)表面文件

　　10、導出為GIF，JPG，PNG，PDF，WRL，POV-Ray，OBJ格式

　　11、為純HTML5應用程序使用定制的，優化的Java-to-JavaScript編譯

　　12、用于客戶端JavaScript的Swing和PDF導出的通用JavaScript庫

　　13、JSpecView模塊功能：

　　14、閱讀JCAMP-DX，CML，AnIML格式

　　15、交互式實際和預測的1H NMR光譜

　　16、交互式IR，拉曼，NMR，GC / MS，UV / VIS光譜

　　17、光譜以PDF格式生成

【使用說明】

　　利用Jmol軟件顯示分子3D模型

　　用Jmol軟件顯示分子3D模型主要有兩種方式：一是利用本地Jmol軟件顯示分子模型，只需打開軟件后，打開或拖拽入需顯示的前述兼容格式的分子模型即可；二是在網頁中調用Jmol程序顯示分子模型，這需要一定的HTML語言和Java語言知識（可參考網絡教程[11]），例如將甲烷3D模型（methane.pdb）嵌入本地HTML網頁，可利用Dreamweaver建立HTML網頁，則要按圖1編寫HTML代碼，需注意調用Jmol.js和methane.pdb的相對地址，圖1中HTML代碼是網頁和他們都處于同一目錄，完成后打開網頁即可得到最簡單的網頁Jmol3D交互模型。

　　Jmol3D模型交互操作

　　Jmol3D模型的交互操作可粗略分為：腳本交互和鼠標交互兩種，前者是利用編程技術將交互內容事先編好，要求使用者具有一定的Java編程基礎，適于Jmol3D模型開發者，有興趣的讀者可參閱Robert M. H開發的Jmol交互式腳本文檔網站進行查詢和學習[14]；后者則更適于普通用戶，用戶只需要操作鼠標（少數需要鍵盤配合）即可完成對模型轉動、縮放、顯示鍵角、顯示鍵長等數十種交互操作。

　　鼠標交互操作又可細分成鼠標操作和鼠標右鍵操作，鼠標右鍵操作內容豐富，操作時在Jmol程序運行界面內點擊右鍵即可看到：“模型1/1、設置、選擇、查看、樣式、顏色、表面、對稱性、縮放、旋轉、振動、動畫、測量、鼠標拾取、控制臺、顯示、文件、計算、語言、關于”等20項右鍵一級菜單，繼續點擊可看到這些菜單下的數十項供選擇的子菜單，本文只對鼠標右鍵菜單常用操作以及最新版本新出現的操作進行簡介。