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　　RNAdraw 是一款專業簡潔的RNA二級結構分析軟件，能夠對RNA一級序列進行二級結構分析并作圖，可以導入DOS/UNIX格式的文本數據文件，并可以可以進行多文檔窗口打開的數據處理，幫助用戶輕松對RNA序列進行篩選。

【功能特性】

　　1、RNAdraw 是windows下的多文檔窗口(multiple document interface)軟件，允許你同時打開多個數據處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導入文件、關閉文件、設置程序參數、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。主窗口底部狀態欄最左邊的方框顯示鼠標所在的菜單命令的提示信息，而右邊三個方框提供了當前激活窗口內容的信息。

　　2、RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。 工具條上的兩個按鈕打開即時幫助（左邊的按鈕）或當前激活窗口的幫助（右邊的按鈕）

　　3、RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數據文件。用戶定制RNA文庫（Customize RNA Library）工具條/菜單選項可以讓你打開一個窗口，使用右鍵菜單可以增加/移動/刪除文庫條目通過工具條上能量參數按鈕或右鍵菜單計算前的選擇項.右鍵能量參數菜單包括恢復/重新設置數值、保存/載入參數方案等功能。

　　4、在RNAdraw中可以導入以下格式的文件:

　　DOS/UNIX文本文件可以導入到序列編輯窗口和序列信息編輯窗口。

　　GenBank查找的結果文件可以導入到RNAdraw. 不同的組成內容會被放到相應字段中去。

　　RNAfold結構計算輸出文件可以當成新文件導入，也可以與現存的文件合并。這樣就可以利用UNIX強大的計算功能來計算，然后用RNAdraw來處理結果。

　　Mfold關聯Connect (.ct,.con ( GCG PlotFold -H ))文件可以當成新文件導入，也可以與現存的文件合并。這樣就可以用M. Zukers不同版本的mfold程序來計算最佳的結構然后用RNAdraw來處理結果。

　　5、RNAdraw可以導出以下格式文件：

　　序列可以導出為文本文件或拷貝到剪貼板

　　二級結構可以導出為.ct (connect) 文件

　　熱力學曲線導出為一個由兩列數字組成的文本文件

　　結構/矩陣/熱力學曲線/概率柱狀圖可以導出為：

　　Windows位圖文件(.bmp)

　　Windows 標準/ 便攜placeable (推薦，在許多應用程序中經常使用)/增強(Win32 only)圖元文件, 這樣可以將結構圖插入到諸如微軟Word之類的文件中

【使用方法】

　　1、點擊“File，在下拉菜單中選擇 ” “New File，輸入你想要的文件名，點 ” OK。出現以下界面

　　點擊文件下的子文件，雙擊，進行你的序列導入。通常進行 RNA 結構的計

　　算時，輸入的基因序列達到數千個之多， 但由于軟件本身與電腦的計算能力有限，建議先查找目的物的亞基所對應的基因來分別進行計算。

　　同時通過人工輸入長序列會很麻煩，在序列輸入時可以 copy and paste。在序列輸入框中右擊出現的下拉菜單中選擇 clipboard，在子菜單中選擇 paste from，來粘貼你所復制的序列。然后回車。序列輸入完畢。

　　2、二級結構的計算

　　序列導入完成后，于文件下子目錄上右擊在下拉菜單中選擇 calculate，在子菜單中選擇 structure(s)，進行計算（各項條件默認，如果有條件可以改變條件設置）。以下為計算后程序框

　　雙擊藍色部分：

　　在彈出的窗口上右擊，選擇 view structure。則出現了該序列的 2D 結構。

　　3、siRNA 靶點的篩選

　　在 siRNA 設計過程中，通過如 Ambiom siRNA Target Finder，所選取的可能的靶序列中，有些會存在空間阻礙，從而影響設計的 siRNA 的沉默效率。所以對得到的靶序列利用 RNAdraw 進行二級結構進行篩選。

　　通常利用 Ambiom siRNA Target Finder 所查找到的靶序列會標有序列起點核苷酸編號，通過這個編號在 RNAdraw 上進行序列篩選。

　　在 RNAdraw 的二級結構計算圖上右擊選擇 show mode，在對話框中繼續勾選 show bases和 loop numbers，選擇 Label Rate為 1。

　　點擊 ok 后出現了帶有堿基，編號，還有二級序列的結構圖， 右擊可以進行放大

　　通過靶序列對應的核苷酸編號， 來對應基因二級結構上的序號， 驚醒空間結構的篩選。將空間阻礙大的序列進行排除。

　　4、文件的保存

　　在我們篩選完后可能有的結構還需要檢查， 要對文件進行保存。 右鍵點擊主文件，選擇 save file，保存到電腦。下次使用時，直接拖如程序框即可。