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　　Beacon Designer 是一款專為生物實驗相關行業所打造的設計工具。軟件能夠結合一些化學的公式使用，您可以在分析生物數據的時候加載一些化學的公式到軟件上標注，軟件還能夠將分析的生物數據轉換為基因模型的方式查看。

【功能介紹】

　　SYBR Green 試驗設計：SYBR Green 可能是實時PCR中最常用的化學分子。BeaconDesigner?可以設計SYBR? Green PCR引物，并且可以幫助您進行前導引物評估。您可以自主控制設計參數或者直接選擇由專家研究和交流后得到的默認值。同時您還可以針對特殊的實驗需要自己設置默認值。除了可以在目的基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer 還可以跨內顯子-內顯子或外顯子-外顯子設計引物。跨外顯子內含子連接的引物設計有助于選擇性地從gDNA中擴增得到cDNA。

　　HRMA 試驗設計：Beacon Designer 提供了一個檢測突變的高效方法。相對于以探針為基礎的基因型分析，HRMA更經濟實惠。該軟件運用一種特有的專利的算法，能夠設計出檢測突變的最好引物。

　　HRMA引物被設計將感興趣的突變設計于最短的擴增子，能夠檢測到解鏈溫度變化。引物避免了模板的二級結構，保證了有效的引物延伸。HRMA引物可以在NCBI上比對核苷酸信息來檢測特異性。此外，預引物和已經發表的引物同樣可以用來檢測。

　　雙標簽探針設計

　　Beacon Designer目前支持基于四種探針的化學反應：

　　TaqMan 探針：使用Beacon Designe能夠幫助您研究不同基因表達以及單核苷酸多態性。同樣，您可以選擇LNA替代taqman探針，它比taqman探針更加穩定。Beacon Designer?可以幫助您設計甲基化的taqman探針。MethyLight 是一個高通量的分析，用來區別甲基化和非甲基化的DNA。通過Beacon Designer?，可以通過設定甲基化和非甲基化鏈，以及未處理DNA序列的寡核苷酸來適當地控制引物和探針的設計。您可以使用這些化學物評估pre-designed/published的引物或TaqMan?探針。設計完成之后，系統會根據不同的寡核苷酸屬性將設計的結果按性能排序并給出一個結果列表。

　　分子信標：設計或評估標準分子信標或用于NASBA分析的分子信標。NASBA是一個依賴引物的技術，用于單一混合物在一個溫度下的連續擴增。您可以設計單一溫度或多反應的分子信標。

　　Scorpions：Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設計。Scorpions分析不依賴于探針的酶活性口袋。引物和探針在反應過程中緊密的偶聯。

　　FRET探針：Beacon Designer可以對之前設計的FRET探針進行再設計和評估。BeaconDesigner 中，FRET探針能與SYBR? Green偶聯在一起。

　　多重實時PCR分析：利用Beacon Designer，您可以根據多重實時PCR分析設計TaqMan?，可多達5條包含參考基因選擇的序列。

【軟件特色】

　　提供了多種引物的分析功能

　　可以在生物序列上完成更多的基因分析

　　支持使用基因突變的序列加載到實驗上分析

　　支持使用DNA引物分析查看實驗數據的變化

　　支持在生物分析上擴展數據的變化以及外部分子

　　支持建立多種基因的序列分析

　　可以幫助您測試氨基酸的研究數據

　　可以讓您在分析生物序列的時候獲得更好的指標

　　支持將測試的單核苷酸生成圖形顯示

　　支持生物鏈的制作以及基因模型制作