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　　Chromas 是一款非常專業的dnf序列分析軟件，通過它可以打開ab1、scf、ztr格式的圖譜文件，通過Chromas可以對這些圖譜進行有效的分析，軟件支持自動刪除低質量序列和矢量序列，同時軟件還支持將圖譜進行格式轉換，從而方便使用其它軟件打開。

【功能介紹】

　　1、從Applied Biosystems DNA測序儀打開.ab1色譜圖文件。

　　2、打開由其他序列發生器創建或從數據庫檢索的SCF和ZTR格式色譜圖文件。

　　3、保存為.scf或Applied Biosystems .ab1格式。

　　4、打印色譜圖，其中包含縮放或適合一頁的選項。

　　5、自動刪除低質量序列(當質量數據可用時)或矢量序列。

　　6、以純文本，FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank或??GCG格式導出序列，或使用基本編號格式化以進行演示。

　　7、將序列以純文本，FASTA或FASTQ格式復制到剪貼板，以粘貼到其他應用程序中。

　　8、反轉和補充序列和色譜圖。

　　9、通過精確匹配或最佳對齊搜索子序列。

　　10、顯示3幀中的翻譯以及序列。

　　11、復制色譜圖部分的圖像以粘貼到文檔或演示文稿中。

　　12、批處理，包括格式轉換，帶矢量刪除的序列導出，批量打印和原始數據的批量導出。

　　13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP組件增強.ab1文件，以提高峰值可讀性并提取更多高質量的基礎。

【使用方法】

　　1、選擇File菜單打開一個序列文件，或者直接通過Open打開。

　　2、一般測序中一個反應大概能測的長度為800左右，由于熒光染料的干擾和機器性能，測序結果在最開始和最后面的時候有幾十個堿基不準確，如下圖中紅框的部分。評判測序結果的時候可以忽略前50個和后50個堿基。

　　3、我們通過工具欄的縮放工具，可以放大或者縮小整個視圖：

　　通過上圖可以看出，不同堿基對應不同的顏色。

　　4、通過工具欄的“Find'工具，可以查找某個序列：

　　5、通過“File”菜單欄的Blast Search可以直接連接在線數據庫，將序列進行Blast，省去了我們打開NCBI等數據庫然后復制序列再比對的麻煩：

　　點擊OK之后出現如下界面，然后點擊“View report”即可。

　　6、Chromas還自帶序列翻譯蛋白質功能，點擊“Options->Show Translations->All”顯示三條蛋白質翻譯序列。這里之所以顯示三條，是因為Chromas不知道你的序列翻譯的起始位點，所以如果你的序列是cDNA序列，那么這三條蛋白質序列中總有一條是你想要的，這在我們做蛋白質點突變的時候非常有用。當然如果你的是啟動子等其他序列，這個功能是多余的。

　　7、我們可以將序列導出，并且可以設置導出的間隔、分行、以及是否顯示序號，下面的設置中代表每60個堿基一行。

　　8、當然可能會有同學想說，如果我想把測序峰圖放在文章中，我該怎么弄?Chromas沒有存儲為圖片的選項，這時可能有同學就想用截圖了，這里Chromas可以存儲為PDF格式，在“File”里面選擇Print 預覽，然后選擇PDF即可。

　　導出來之后就得到PDF格式的峰圖了，這是矢量圖，可以無限放大。然后通過Photoshop做出所需要的圖片。