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SnapGene6破解版是一款非常優秀的分子生物學軟件。該軟件為用戶提供了可視化、模擬、避免錯誤、自動記錄、擁有您的數據、轉換文件格式等不同的優勢,新的版本中增加了新功能和顯示選項,非常適合一些專業的人員來使用!
一、想象
1、DNA可視化
查看DNA序列的多個視圖。
地圖 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 歷史
自定義酶位點,特征,引物,ORF,DNA顏色等的顯示。地圖可以是圓形或線性格式。
使用雙鏈模式查看酶位點,具有翻譯,引物和DNA顏色的特征。單鏈模式顯示具有彩色特征的緊湊概覽。
從一系列酶組中選擇。剪切網站可以顯示為數字或行,按名稱或頻率排序。
按名稱,位置,大小,顏色,方向性或類型對帶注釋的要素列表進行排序。復選框在緊湊或完全展開的顯示之間切換。
按名稱,長度,顏色,結合位點,方向性或解鏈溫度對雜交引物列表進行排序。復選框在緊湊或完全展開的顯示之間切換。
查看DNA構建體的自動生成的圖形歷史記錄。祖先序列可以作為單獨的文件恢復
2、大序列支持
瀏覽染色體大小序列。
查看 · 搜索 · 縮放
利用SnapGene的高效數據處理功能,掃描具有數千種注釋功能的大型DNA序列。
使用專有的MICA算法立即在染色體內找到序列。
使用多功能控件調整縮放系數和顯示區域。
3、蛋白質可視化
查看蛋白質序列的多個視圖。
地圖 · 序列 · 屬性 · 特征 · 歷史
自定義區域,站點,鍵和序列顏色的顯示。
使用具有相關特征的1-或3個字母的氨基酸代碼查看蛋白質序列。
查看蛋白質的分子量,消光系數,等電點和氨基酸組成??梢詫Φ鞍踪|的選定部分進行相同的分析。
按名稱,位置,大小,顏色或類型對帶注釋的功能列表進行排序。復選框在緊湊或完全展開的顯示之間切換。
查看自動生成的蛋白質序列圖形歷史記錄。祖先蛋白質或DNA序列可以作為單獨的文件再生。
4、直觀的序列編輯
輕松編輯DNA和蛋白質序列。
標準編輯 · DNA結束
進行插入,刪除,替換和大小寫更改。復制并粘貼序列時,會自動傳輸功能。
編輯線性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯。
5、序列顏色編碼
將選定的DNA或氨基酸序列設置為十種顏色之一。
給兩條DNA鏈或蛋白質序列著色。顏色在Map和Sequence視圖中都可見。
6、特征注釋
自動注釋常用功能,或手動注釋新功能。
自動特征檢測 · 手動特征注釋
使用SnapGene廣泛的數據庫查找DNA序列中的常見特征。您選擇的其他功能可以添加到自定義數據庫中。
選擇DNA或蛋白質序列的一部分,并使用靈活的GenBank兼容控件注釋特征。
二、模擬
1、限制性站點指標
確認限制性網站適合克隆。
獨特性 · 甲基化敏感性 · 特殊性質
以粗體顯示獨特的限制性位點,或選擇自動定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組。
不要被愚弄,因為限制性位點被Dam,Dcm或EcoKI甲基化阻斷。SnapGene將自動用星號標記該站點。
利用工具提示來避免有問題的限制網站。
2、限制性克隆
可視化克隆過程的所有方面。
如果您已經考慮過程,則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過程存在設計缺陷,則可以捕獲并糾正錯誤。
3、PCR
模擬標準PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自動設計引物。產品文件在其歷史記錄中存儲模板和引物。
4、重疊延伸PCR
通過重疊延伸PCR融合片段
最多可組裝八個碎片。選擇要連接的片段及其方向,SnapGene將設計引物。
5、引物定向誘變
使用誘變引物進行定點誘變。
選擇誘變引物,按下按鈕查看修飾的質粒。歷史顏色突出了突變。
6、網關®克隆
模擬網關® BP克隆或LR克隆,或兩者在同一時間。
為方便起見,提供了常見的供體向量和目的向量。選擇要組裝的片段,SnapGene將設計引物。
7、吉布森大會®
通過融合多達八個片段或通過將多達八個片段插入向量來模擬Gibson Assembly。Gibson Assembly是一種流行的無縫克隆方法。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設計引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產生。
8、IN-FUSION ®克隆
通過在向量中插入最多八個片段來模擬Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一種非常通用的方法,可用于創建無縫基因融合。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設計引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產生。
9、TA和GC克隆
通過TA或GC克隆捕獲PCR產物。
選擇傳統的TA克隆或高效GC克隆。
為方便起見,提供了常見的TA克隆載體和Lucigen的GC克隆載體。
10、退火Oligos
退火兩個寡核苷酸形成雙鏈產物。
使用簡單的控件添加突出限制克隆。
把crack中的SnapGene.exe復制到安裝目錄中,默認C:\ Program Files(x86)\ SnapGene,點擊替換目標中的文件
限制性克隆的技巧
對于許多應用,常規限制性克隆仍然是最好的方法。一些簡單的技巧將有助于確保您的克隆順利進行。
1、一般技巧
首先,在程序的每一步都要小心。從長遠來看,這種方法可以節省時間。
確保DNA非常干凈。當制備載體或切除待插入的片段時,從約2μg的DNA開始。
每次酶促反應后,用旋轉柱純化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脫DNA,然后進行下一步反應。(在用凝膠純化DNA之前不需要使用旋轉柱。)
為了最大限度地提高效率,請盡量減少程序中的步驟數。例如,將鈍端片段克隆到鈍性載體位點(例如SmaI位點)比將其用Klenow或T4 DNA聚合酶鈍化的位點更好。
如有疑問,用凝膠純化DNA。更清潔的起始材料將產生更好的結果。
2、準備矢量
限制性克隆最常見的問題是在手術后恢復起始載體。該問題有兩個原因:載體的不完全消化,以及切割載體與其自身的重新連接。下面描述的技巧將最大限度地減少這些影響。
確保載體的消化完成。使用過量的限制酶(約20 U,2μgDNA),消化約4小時。如果載體需要用兩種具有不同最佳反應緩沖液的酶切割,則依次進行消化,并在其間進行旋轉柱純化。
消化載體(并且如果合適的話鈍化),用磷酸酶處理:在37℃下1小時處于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端則在50℃處理1小時。
用旋轉柱除去磷酸酶。通常不需要對載體進行凝膠純化,因為磷酸酶處理會使產生的任何額外DNA失活。
3、使用載體,確保消化和磷酸酶反應完成。徹底和反復地渦旋混合物,并且不允許任何液滴逃脫酶處理。在渦旋后短暫旋轉以確保管側沒有留下液滴是個好主意。
準備插入的片段
為了制備插入的片段,不完全消化不是一個嚴重的問題,因為片段的部分回收是可接受的。您可以使用相對較短的消化時間,對于雙重消化,您可以使用對一種或兩種酶來說不是最理想的反應緩沖液。
用凝膠純化插入的片段。除去除不需要的或不完全消化的DNA外,該方法還可去除酶和小分子。當用透照儀觀察DNA條帶時,不要使用312nm或更低的短波紫外線,因為DNA會受到嚴重損害。請改用360-365 nm紫外燈。
如果通過PCR產生插入的片段,則在進行任何限制性消化之前用凝膠或旋轉柱純化。如果您計劃將平末端PCR片段(用聚合酶如Pfu產生)克隆到磷酸酶處理的載體中,請確保您的PCR引物含有5'-磷酸。
結扎和轉化
使用磷酸酶處理的載體,進行對照連接,其中省略插入的片段。該對照連接應該產生非常少的轉化體,因為只有環狀DNA分子有效地轉化大腸桿菌,并且在不與磷酸化片段連接的情況下不能發生載體的再環化。
如果DNA僅有粘性末端,則在室溫下連接約1小時。如果DNA具有任何平端,則在室溫下連接約4小時并使用高濃度T4連接酶。
微量制作和診斷摘要
如果您使用插入的片段獲得了比用于對照連接的結扎更多的轉化體,那么您的克隆幾乎肯定會起作用,并且您通常只能制作3-4個小量制備物。
在執行小量制備的診斷限制摘要時,始終包括起始向量作為參考標準。