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　　cytoscape中文破解版是一款方便易用的信息數據分析編輯軟件。該軟件界面美觀，可以讓我們分析各種數據，通常被使用在生物信息分析等領域，通過多種形式的網絡圖形為用戶顯示分析結果，讓我們可以更方便地了解數據之間的關聯和變化趨勢。

【功能特點】

　　以多種標準格式加載分子和遺傳相互作用數據集

　　項目和集成全局數據集和功能注釋

　　在這些數據之間建立強大的可視化映射

　　使用細胞視圖應用程序執行高級分析和建模

　　可視化和分析人為策劃的路徑數據集，如維基路徑、反應堆和KEGG。

【使用說明】

　　1. 安裝并打開Cytoscape

　　2. 導入蛋白質互作網絡數據庫中參考物種的蛋白互作網絡

　　網絡文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安裝目錄下有Sample Data，是部分網絡文件的示例。

　　本地導入參考物種的蛋白互作網絡

　　Cytoscape默認將文件第一行作為列名。如果文件第一行是基因，在導入網絡時要在Advanced Options中取消用第一行作為列名。

　　然后選擇每一列數據的屬性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同時對應不同顏色和圖標標記。

　　導入后，右上部窗口內展示蛋白互作網絡圖，右下部為網絡圖的相關節點 (Node) 及邊 (Edge) 的數據信息。左側為導入的網絡目錄和網絡屬性 (Style) 設置菜單。

　　從公共數據庫中獲得參考物種的蛋白互作網絡

　　例如要導入某個物種的蛋白質互作網絡：選擇物種和想要查看的數據庫，搜索包含該物種蛋白互作網絡的數據庫，導入數據(時間稍長)。

　　3. 在Layout選項下可以選擇方便觀測的布局(默認導入的布局方式為Perfuse Force Directed Layout)。

　　4. 設置網絡節點和邊的風格 (Style)

　　在Style選項卡下Node設置中對點的形狀、顏色、大小等進行設置。例如：選擇Shape為圓形、Fill Color為灰色、節點的高度 (Meight) 和寬度 (Width) 為50.0。

　　在Style選項卡下Edge設置中對邊的形狀、顏色、大小等進行設置。例如，將連線的顏色設置為藍色，同時設置到Target方向的箭頭同樣為藍色。

　　5. 導入差異表達基因及其屬性列，映射到互作網絡中作為各節點的拓撲性質。

　　選取目標網絡、設置關鍵列 (Column1)、選擇需要的節點屬性列(可以選取多列，本例選取Column2，并重命名為Label，其中為up/down數據)。

　　6. 根據上下調基因 (up/down) 標示網絡，定義上調基因 (up) 為紅色，下調基因 (down) 為藍色。

　　7. 導出數據

　　導出圖像Export Network as Graphics。

　　導出數據 Export Table。

　　可導出數據面板中的網絡節點、邊和整體網絡的信息。

　　在彈出窗口編輯導出文件名。