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Geneious是一款功能強大的梯形擬合和峰值調用軟件,能夠幫助用戶輕松快速的生成基因型微衛星位點和等位基因列表,提升大家的工作效率。軟件支持序列對比和系統學分析、毗連群、引物設計和克隆和限制性分析等,讓分子生物和生物化學研究更加方便快捷。
1、NGS分析和基因組學,使用行業領先的算法,包括TopHat和Velvet,Illumina、PacBio或Torrent讀數(任何長度、成對端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對數據的綜合分析,包括基因組瀏覽器、持續的可視化、SNP調用和RNA-Seq表達式分析。
2、序列圖和色譜分析,修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件,正確的堿基調用并創建一致的序列?;蝾A測、模式、翻譯和變異調用的自動標注?;蛐臀⑿l星跟蹤自動梯擬合和峰值調用和生成等位基因表。
3、對齊和樹構建,使用包括MAFFT和ClustalW在內的可信算法對DNA或蛋白質進行成對和多種比對。查看和編輯實時翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內的同行評審算法構建系統樹,并為公開準備的圖形調整顯示設置。
4、分子克隆,查看質粒圖,自動注釋矢量并用注釋復制粘貼序列。尋找限制站點、消化、連接和執行Golden Gate,Gibson和Gateway克隆。設計引物,找到CRISPR站點并優化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
5、搜索、共享和自動化,針對NCBI進行批量BLAST,并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協作數據。導入和導出大多數行業標準文件格式。建立自動化的工作流程,以提高效率,控制業務流程,并減少您的研究中的人為錯誤。
6、SnapGene文件導出,將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中,無縫地導入序列及其注釋和其他元數據。
7、CRISPR-CPF1特異性評分,自信地選擇最佳CRISPR-CPF1引導RNA位點使用新的特異性評分,這是根據對您選擇的數據庫的非目標分析計算出來的。
8、智能NGS導入,只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中,即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
9、CRISPR Cpf1選項,添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點的支持。在A和T豐富序列中找到位點,并在體內具有更高的裂解效率。
10、RNA-Seq表達分析的火山圖
在交互式火山圖中可視化基因表達,可以用來突出和跳轉到差異表達基因。