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cytoscape3.9.1是一款功能十分強大的生物科學數據分析軟件,該軟件專門為從事生物科學研究行業的用戶量身定制,軟件擁有人性化的UI用戶界面,操作簡單易上手,能夠幫助用戶高效率地完成圖形化的生物數據分析,并且自動生成圖表分析結果,大大提高用戶的工作效率,有需要的小伙伴千萬不要錯過哦。
公共數據庫客戶端
Cytoscape是作為一個網絡服務客戶端工作的,這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數據庫,導入網絡和注釋數據。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數據庫,并導入網絡和注釋數據。目前,我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續為熱門數據庫開發新的服務客戶端。
互操作性
由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式,你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如,如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網絡數據,Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載,并以 PSI-MI 格式導出,供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。
從 3.3 版本開始,Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能,如創建網絡,應用布局,或圖像導出。
會話文件
你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數據文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話(.cys)文件。Cytoscape 會話文件包括網絡、屬性(節點/邊緣/網絡)、桌面狀態(選擇/隱藏節點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態和可視化風格。
布局
在二維空間布局網絡。 有多種布局算法可供選擇,包括循環、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。
以多種多樣規范格式載入分子結構和基因遺傳相互影響數據集
新項目和集成化全局數據集和作用注解
在這種數據信息中間創建強勁的可視化投射
應用體細胞主視圖應用軟件實行高級剖析和建模
可視化和剖析人為因素方案策劃的路徑數據集,如維基百科路徑、核反應堆和KEGG。
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