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　　Arlequin是專業的人類遺傳學數據分析軟件，為從事醫學、生物學研究的學者設計，擁有可進行AMOVA計算、中性檢驗、錯配分布等功能，例如：大量的分子序列數據和傳統的等基因頻率，并提供了很多的方法和統計學檢驗，能夠滿足用戶多種遺傳學分析方便的需求。

【功能說明】

　　1、Molecular diversity(分子多態性)

　　2、Mismatch distribution(錯配分布)

　　3、Haplotype frequency estimation(單倍型頻率估計)

　　4、Linkage disequilibrium(連鎖不平衡：檢測不同位點上等位基因的非隨機關聯)

　　5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈溫—伯格平衡)

　　6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性檢驗)

　　7、Fu`s neutrality test(Fu中性檢驗)

　　8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性檢驗)

　　以上三個中性檢驗都是基于無限位點模型，適用于DNA sequence 和 RFLP單倍型。

　　9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合檢驗，檢測人群的均一性或同質性和中性選擇等)

　　10、Minimu Spanning Network(MSN，最小擴張樹或稱之為最小支撐樹,，基于分子差異)

　　11、AMOVA 分子差異度分析，用以評測人群的遺傳結構

　　12、Pairwise genetic distances (遺傳距離的估計)

　　13、Exact test of population differentiation (檢測隨機交配群體單倍型的非隨機分布)

　　14、Assignment test of genotype (通過估計等位基因頻率將單個基因型分配到特定的人群中)