Cytoscape是一個開源軟件平臺，用于可視化復雜的網絡并將其與任何類型的屬性數據集成。也可用于各種問題領域，包括生物信息學，社交網絡分析和語義網，支持分子和系統生物學，基因組學和蛋白質組學中的許多用例。
Arlequin是專業的人類遺傳學數據分析軟件，為從事醫學、生物學研究的學者設計，擁有可進行AMOVA計算、中性檢驗、錯配分布等功能，例如：大量的分子序列數據和傳統的等基因頻率，并提供了很多的方法和統計學檢驗，能夠滿足用戶多種遺傳學分析方便的需求。
SciDAVis 是一款專業高效的科學數據分析和可視化應用程序。工具內置了非常豐富的繪圖工具，主要用于科研數據集的二維和三維繪圖，同時還可以進行科研數據分析。