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　　Cytoscape是一個開源軟件平臺，用于可視化復雜的網絡并將其與任何類型的屬性數據集成。也可用于各種問題領域，包括生物信息學，社交網絡分析和語義網，支持分子和系統生物學，基因組學和蛋白質組學中的許多用例。

　　Cytoscape提供了一組用于數據集成，分析和可視化的基本功能。附加功能可作為 應用程序使用（以前稱為插件）。應用程序可用于網絡和分子譜分析，新布局，其他文件格式支持，腳本以及與數據庫的連接。

【功能說明】

　　【支持多種標準】Cytoscape支持很多標準的網絡和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導入由其他應用程序或電子表格程序生成的數據文件，如表達譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節點、邊和網絡上的任意屬性。例如，為您的蛋白質輸入一組自定義注釋術語，為您的蛋白質-蛋白質相互作用創建一組置信值。

　　【公共數據庫客戶端】Cytoscape是作為一個網絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數據庫，導入網絡和注釋數據。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數據庫，并導入網絡和注釋數據。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續為熱門數據庫開發新的服務客戶端。

　　【互操作性】由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網絡數據，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。

　　從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創建網絡，應用布局，或圖像導出。

　　【會話文件】你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數據文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（.cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網絡、屬性(節點/邊緣/網絡)、桌面狀態(選擇/隱藏節點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態和可視化風格。

　　【布局】在二維空間布局網絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。

　　【圖像導出】您可以將網絡導出為可發布的高質量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像（PDF和PS）可以通過其他應用程序（如Adobe Illustrator）進行修改，以進一步增強。

　　【VizMapper】使用強大的VisualStyles自定義網絡數據顯示。在網絡上查看基因表達比和p值的疊加。  表達數據可以根據用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節點顏色、標簽、邊界厚度或邊界顏色等。